Görsel olarak KTM 990 Duke R 2025, bir yandan doğrudan selefi KTM 890 Duke R'yi, diğer yandan ise özellikle renk düzeni ve turuncu vurgularıyla ikinci nesil 990 SUPER Duke R (2011-2013) modellerini anımsatıyor. Belirgin tasarım, "Electronic Orange" renginde parlak, toz kaplamalı bir çerçeve, beyaz süs çizgileri ve mat siyah detaylarla tamamlanıyor. Büyük kardeşi KTM 1390 Super Duke R'de olduğu gibi, siyah-turuncu renkteki büyük "R" harfi gururla yakıt deposunda yer alıyor. Sele kapağı standart olarak geliyor, ancak doğal olarak iki kişilik kullanım için de onaylı olan 990 Duke R'de bir yolcu koltuğu (ve ilgili ayak dayanakları) isteyenler PowerParts'a göz atmalı. Turuncu jantlar da 1390 modelinden ödünç alınmış ve motosikletin tasarımını tamamlıyor.
R versiyonunun sele yüksekliği ve yerden yüksekliği, her biri 15 mm artarak 840 ve 210 mm'ye çıkıyor, KTM'ye göre 990 Duke R'nin maksimum eğim açısı, standart kardeşiyle karşılaştırıldığında 3 derece artıyor.