Visuellt påminner KTM 990 Duke R 2025 om sina föregångare, dels den omedelbara föregångaren KTM 890 Duke R, men särskilt i färgsättningen och de orange accenterna om modellerna från den andra generationen av 990 SUPER Duke R (2011-2013). Den distinkta designen kompletteras av en glänsande, pulverlackerad ram i "Electronic Orange", vita dekorlinjer och mattsvarta detaljer. Nästan lika framträdande som hos den stora systern, KTM 1390 Super Duke R, pryder det stora svart-orange "R" stolt tanken. Passagerarsitsöverdraget är standard, men de få personer som vill ha en passagerarsits (och tillhörande fotpinnar) på den för två personer godkända 990 Duke R måste leta i PowerParts. De orange fälgarna är också lånade från 1390-modellen och kompletterar motorcykelns design.
Säteshöjden och markfrigången för R-varianten ökar med 15 mm vardera till 840 respektive 210 mm, och enligt KTM ökar den maximala lutningsvinkeln för 990 Duke R med 3 grader jämfört med standardmodellen.