Оптички, KTM 990 Duke R 2025 подсећа на своје претходнике, с једне стране на непосредну претходницу KTM 890 Duke R, а с друге стране посебно у бојама и наранџастим акцентима на моделе друге генерације 990 SUPER Duke R (2011-2013). Упечатљив дизајн употпуњен је сјајним, прашкасто обојеним оквиром у "Electronic Orange", белим украсним линијама и мат црним детаљима. Скоро исто тако истакнуто као код велике сестре, KTM 1390 Super Duke R, поносно се истиче велико „R“ у црно-наранџастој боји на резервоару. Поклопац седишта за сувозача је стандард, а појединци који желе седиште за сувозача (и одговарајуће ножне ослонце) на 990 Duke R, која је наравно дозвољена и за двосед, морају претражити PowerParts. Наранџасти точкови су такође позајмљени из 1390 и употпуњују дизајн мотоцикла.
Висина седишта и раздаљина од тла код R варијанте повећавају се за по 15 мм на 840 односно 210 мм, према KTM-у, слобода нагиба 990 Duke R у поређењу са стандардном сестром повећава се за 3 степена.