Optično KTM 990 Duke R 2025 spominja na svoje predhodnike, po eni strani na neposredno predhodnico KTM 890 Duke R, po drugi strani pa še posebej v barvni shemi in oranžnih poudarkih na modele druge generacije 990 SUPER Duke R (2011-2013). Markantna oblika je zaokrožena z bleščečim, prašno lakiranim okvirjem v "Electronic Orange", belimi okrasnimi črtami in mat črnimi detajli. Skoraj tako izrazito kot pri veliki sestri, KTM 1390 Super Duke R, se na rezervoarju ponosno bohoti veliko črno-oranžno "R". Pokrov sedeža sopotnika je serijski, tisti posamezniki, ki si želijo sedež za sopotnika (in pripadajoče stopalke) na seveda za dvosedno uporabo homologirani 990 Duke R, morajo pobrskati po PowerParts. Oranžna platišča so prav tako izposojena iz 1390-ke in zaokrožujejo dizajn motorja.
Višina sedeža in oddaljenost od tal pri R-različici se povečata za 15 mm na 840 oz. 210 mm, po navedbah KTM se največji nagibni kot 990 Duke R v primerjavi z njeno standardno sestro poveča za 3 stopinje.