Opticky pripomína KTM 990 Duke R 2025 svojich predchodcov, na jednej strane bezprostrednú predchodkyňu KTM 890 Duke R, na druhej strane však najmä farebným prevedením a oranžovými akcentmi modely druhej generácie 990 SUPER Duke R (2011-2013). Výrazný dizajn je doplnený lesklým, práškovo lakovaným rámom v "Electronic Orange", bielymi ozdobnými líniami a matne čiernymi detailmi. Takmer rovnako výrazne ako pri veľkej sestre, KTM 1390 Super Duke R, sa na nádrži pýši veľké „R“ v čierno-oranžovej farbe. Kryt sedadla spolujazdca je štandardom, jednotlivci, ktorí by na samozrejme aj pre dvojmiestnu prevádzku schválenej 990 Duke R chceli sedadlo pre spolujazdca (a príslušné stupačky), musia hľadať v PowerParts. Oranžové ráfiky boli tiež prevzaté z modelu 1390 a dotvárajú dizajn motocykla.
Výška sedadla a svetlá výška verzie R sa zvyšujú o 15 mm na 840, resp. 210 mm, podľa KTM sa tým zvyšuje maximálny uhol náklonu 990 Duke R v porovnaní s jej štandardnou sestrou o 3 stupne.