Visualmente, a KTM 990 Duke R 2025 lembra seus antecessores, por um lado, a imediata antecessora KTM 890 Duke R, mas especialmente na coloração e nos acentos laranja, os modelos da segunda geração da 990 SUPER Duke R (2011-2013). O design marcante é complementado por um quadro brilhante, revestido a pó em "Electronic Orange", detalhes brancos e pretos foscos. Quase tão proeminente quanto na irmã maior, a KTM 1390 Super Duke R, ostenta orgulhosamente o grande "R" em preto e laranja no tanque. A cobertura do assento traseiro é de série, e as poucas pessoas que desejam um assento para o passageiro (e os estribos correspondentes) na 990 Duke R, que é naturalmente aprovada para operação de duas pessoas, devem procurar nos PowerParts. As rodas laranja também foram emprestadas da 1390 e completam o design da moto.
A altura do assento e a distância ao solo da variante R aumentam em 15 mm cada, para 840 e 210 mm, respectivamente. Segundo a KTM, a liberdade de inclinação da 990 Duke R aumenta em 3 graus em comparação com sua irmã padrão.