Optisch przypomina KTM 990 Duke R 2025 swoich przodków, z jednej strony bezpośrednią poprzedniczkę KTM 890 Duke R, z drugiej jednak szczególnie w kolorystyce i pomarańczowych akcentach modele drugiej generacji 990 SUPER Duke R (2011-2013). Charakterystyczny design dopełnia błyszcząca, proszkowo malowana rama w kolorze "Electronic Orange", białe listwy ozdobne i matowoczarne detale. Niemal tak samo wyeksponowane jak u starszej siostry, KTM 1390 Super Duke R, dumnie widnieje na zbiorniku duże „R” w czarno-pomarańczowym kolorze. Osłona siedzenia pasażera jest standardem, a osoby, które chcą korzystać z 990 Duke R w trybie dwuosobowym, muszą poszukać siedzenia dla pasażera (i odpowiednich podnóżków) w PowerParts. Pomarańczowe felgi również zostały zapożyczone z modelu 1390 i dopełniają design motocykla.
Wysokość siedzenia i prześwit w wersji R wzrastają o 15 mm do odpowiednio 840 i 210 mm, według KTM prześwit 990 Duke R w porównaniu do standardowej wersji zwiększa się o 3 stopnie.