Optisch doet de KTM 990 Duke R 2025 denken aan zijn voorgangers, enerzijds aan de directe voorganger, de KTM 890 Duke R, en anderzijds vooral in de kleurstelling en de oranje accenten aan de modellen van de tweede generatie van de 990 SUPER Duke R (2011-2013). Het opvallende ontwerp wordt gecompleteerd door een glanzend, poedergecoat frame in "Electronic Orange", witte sierlijsten en matzwarte details. Bijna net zo prominent als bij de grote zus, de KTM 1390 Super Duke R, prijkt trots de grote zwart-oranje "R" op de tank. De beugelzitting is standaard, en de enkele personen die op de natuurlijk ook voor tweepersoonsgebruik goedgekeurde 990 Duke R een zitplaats voor de beugel (en de bijbehorende voetsteunen) willen, moeten bij de PowerParts kijken. De oranje velgen zijn eveneens van de 1390 geleend en maken het ontwerp van de motor compleet.
De zithoogte en bodemvrijheid van de R-variant stijgen elk met 15 mm naar respectievelijk 840 en 210 mm, volgens KTM neemt de maximale leunhoek van de 990 Duke R daarmee in vergelijking met zijn standaardzus met 3 graden toe.