Visivamente, la KTM 990 Duke R 2025 ricorda i suoi predecessori, da un lato la sua immediata antenata, la KTM 890 Duke R, dall'altro, in particolare nella colorazione e negli accenti arancioni, i modelli della seconda generazione della 990 SUPER Duke R (2011-2013). Il design distintivo è completato da un telaio verniciato a polvere in "Electronic Orange", bordi bianchi e dettagli nero opaco. Quasi altrettanto prominente come nella sorella maggiore, la KTM 1390 Super Duke R, campeggia orgoglioso il grande "R" in nero-arancio sul serbatoio. La copertura del sedile del passeggero è di serie, le poche persone che desiderano un sedile per il passeggero (e le relative pedane) sulla 990 Duke R, naturalmente omologata per il trasporto di due persone, devono cercare nei PowerParts. I cerchi arancioni sono stati anch'essi presi in prestito dalla 1390 e completano il design della moto.
L'altezza della sella e l'altezza da terra della variante R aumentano rispettivamente di 15 mm a 840 e 210 mm, secondo KTM l'angolo di piega massimo della 990 Duke R rispetto alla sua sorella standard aumenta così di 3 gradi.