A KTM 990 Duke R 2025 megjelenése az elődeire emlékeztet, egyrészt a közvetlen elődjére, a KTM 890 Duke R-re, másrészt pedig különösen a színvilágában és a narancssárga akcentusaiban a 990 SUPER Duke R második generációs modelljeire (2011-2013). A markáns dizájnt egy fényes, porszórt "Electronic Orange" keret, fehér díszítések és matt fekete részletek teszik teljessé. Szinte olyan feltűnően, mint a nagyobb testvérén, a KTM 1390 Super Duke R-en, büszkén díszeleg a fekete-narancs színű nagy „R” a tankon. A társasülés borítása alapfelszereltség, azoknak a keveseknek, akik a természetesen kétszemélyes üzemmódra is engedélyezett 990 Duke R-en utasülést (és a hozzá tartozó lábtartókat) szeretnének, a PowerParts kínálatában kell keresgélniük. A narancssárga felniket szintén a 1390-esből kölcsönözték, és kiegészítik a motor dizájnját.
Az R-változat ülésmagassága és szabad magassága egyaránt 15 mm-rel nő, 840, illetve 210 mm-re, a KTM szerint a 990 Duke R dönthetősége így 3 fokkal nő a standard testvéréhez képest.