Optički, KTM 990 Duke R 2025 podsjeća na svoje prethodnike, s jedne strane na neposrednu prethodnicu KTM 890 Duke R, a s druge strane, posebno u boji i narančastim akcentima, na modele druge generacije 990 SUPER Duke R (2011-2013). Izraziti dizajn upotpunjen je sjajnim, praškasto obloženim okvirom u "Electronic Orange" boji, bijelim ukrasnim linijama i mat crnim detaljima. Gotovo jednako istaknuto kao kod velike sestre, KTM 1390 Super Duke R, ponosno se ističe veliko crno-narančasto "R" na spremniku. Poklopac suvozačevog sjedala dolazi serijski, a oni koji žele sjedalo za suvozača (i pripadajuće nogare) na 990 Duke R, koja je naravno odobrena za vožnju u dvoje, moraju pretražiti PowerParts. Narančasti naplatci također su posuđeni od modela 1390 i zaokružuju dizajn motocikla.
Visina sjedala i razmak od tla kod R-varijante povećavaju se za 15 mm na 840 odnosno 210 mm, prema KTM-u, sloboda naginjanja 990 Duke R u usporedbi s njenom standardnom sestrom povećava se za 3 stupnja.