Visuellement, la KTM 990 Duke R 2025 rappelle ses ancêtres, d'une part sa prédécesseure immédiate, la KTM 890 Duke R, mais surtout, par sa palette de couleurs et ses accents orange, les modèles de la deuxième génération de la 990 SUPER Duke R (2011-2013). Le design distinctif est complété par un cadre brillant, recouvert de poudre en "Electronic Orange", des liserés blancs et des détails noir mat. Presque aussi proéminent que sur sa grande sœur, la KTM 1390 Super Duke R, le grand "R" en noir et orange s'affiche fièrement sur le réservoir. La couverture de siège passager est de série, et les rares personnes qui souhaitent un siège pour le passager (et les repose-pieds associés) sur la 990 Duke R, qui est bien sûr homologuée pour un usage à deux, devront explorer les PowerParts. Les jantes orange, également empruntées à la 1390, complètent le design de la moto.
La hauteur de selle et la garde au sol de la variante R augmentent chacune de 15 mm pour atteindre respectivement 840 et 210 mm. Selon KTM, cela augmente l'angle d’inclinaison maximum de la 990 Duke R de 3 degrés par rapport à sa sœur standard.