Visualmente, la KTM 990 Duke R 2025 recuerda a sus antecesoras, por un lado a su predecesora inmediata, la KTM 890 Duke R, pero especialmente en la combinación de colores y los acentos naranjas a los modelos de la segunda generación de la 990 SUPER Duke R (2011-2013). El diseño distintivo se completa con un marco brillante recubierto de polvo en "Electronic Orange", adornos blancos y detalles en negro mate. Casi tan prominente como en su hermana mayor, la KTM 1390 Super Duke R, el gran "R" en negro y naranja se exhibe con orgullo en el tanque. La cubierta del asiento del pasajero es de serie, las pocas personas que deseen un asiento para el pasajero (y las estriberas correspondientes) en la 990 Duke R, que está homologada para dos personas, deberán buscar en los PowerParts. Las llantas naranjas también fueron tomadas prestadas de la 1390 y completan el diseño de la moto.
La altura del asiento y la distancia al suelo de la variante R aumentan en 15 mm cada una, a 840 y 210 mm respectivamente, según KTM, la libertad de inclinación de la 990 Duke R en comparación con su hermana estándar aumenta en 3 grados.