Optisch erinnert die KTM 990 Duke R 2025 an ihre Vorfahren, zum einen an die unmittelbare Vorgängerin die KTM 890 Duke R, zum anderen aber besonders in der Farbgebung und den orangen Akzenten an die Modelle der zweiten Generation der 990 SUPER Duke R (2011-2013). Das markante Design wird durch einen glänzenden, pulverbeschichteten Rahmen in "Electronic Orange", weiße Zierleisten und mattschwarze Details abgerundet. Fast so prominent wie bei der großen Schwester, der KTM 1390 Super Duke R, prangt stolz das in schwarz-orange gehaltene große „R“ am Tank. Die Soziussitzabdeckung ist Serie, die vereinzelten Personen, die auf der natürlich auch für den Zweipersonenbetrieb zugelassene 990 Duke R, einen Sitz für den Beifahrer (und die zugehgörigen Fußrasten) möchte muss in den PowerParts stöbern. Die orangen Felgen wurden ebenfalls aus der 1390er entliehen und runden das Design des Bikes ab.
Die Sitzhöhe und Bodenfreiheit der R-Variante steigen jeweils um 15 mm auf 840 bzw. 210 mm, laut KTM erhöht sich die Schräglagenfreiheit der 990 Duke R im Vergleich zu ihrer Standard-Schwester damit um 3 Grad.