Opticky připomíná KTM 990 Duke R 2025 své předchůdce, jednak bezprostřední předchůdkyni KTM 890 Duke R, ale také zejména v barevném provedení a oranžových akcentech modely druhé generace 990 SUPER Duke R (2011-2013). Výrazný design je doplněn lesklým, práškově lakovaným rámem v barvě "Electronic Orange", bílými ozdobnými lištami a matně černými detaily. Téměř stejně výrazné jako u velké sestry, KTM 1390 Super Duke R, se na nádrži pyšní velké „R“ v černooranžové barvě. Kryt sedadla spolujezdce je součástí standardní výbavy, ti, kteří chtějí sedadlo pro spolujezdce (a odpovídající stupačky) na 990 Duke R, která je samozřejmě schválena pro provoz ve dvou, musí sáhnout do nabídky PowerParts. Oranžová kola byla také převzata z modelu 1390 a dotvářejí design motocyklu.
Výška sedadla a světlá výška varianty R se zvyšují o 15 mm na 840, resp. 210 mm, podle KTM se tím zvyšuje maximální úhel náklonu 990 Duke R ve srovnání s její standardní sestrou o 3 stupně.